Ovo odeljenje ima za cilj organizovanje i sprovođenje godišnjeg plana proizvodnje semena, pre svega povrća, ali i pojedinih ratarskih kultura. Seme, koje će kasnije naći svoje mesto na tržištu Srbije proizvodi se na poljoprivrednom zemljištu Instituta (otvoreno polje i zaštićeni prostor), kao i po ugovoru o saradnji sa proizvođačima semena (kooperacija), kao davaocima usluga za proizvodnju.
U okviru proizvodnje semena u samom Institutu pored stručnog nadzora angažovani su radnici koji vrše pripreme zemljišta za setvu i sadnju, sejanje, sađenje, đubrenje, navodnjavanje, održavanje zemljišta, aplikaciju pesticida, berbu, prenos semena u skladište. Takođe, brinu se o ispravnosti mašina za rad na polju (kombajna, traktora, priključnih mašina) kao i o ispravnosti mašina za rad u doradi i pakovanju semena.
Kada govorimo o proizvodnji semena u kooperaciji, stručnjaci Odeljenja za proizvodnju semena vrše praćenje i nadzor proizvodnje semena, savetuju proizvođače o tome kako da implementiraju savremene agrotehničke, meliorativne i druge mere kako bi se unapredila celokupna semenska proizvodnja. Kako bi se svi ovi procesi mogli implementirati pravovremeno i u skladu sa potrebama proizvodnje, ovo odeljenje mora tesno sarađivati sa ostalim organizacionim jedinicama Instituta.