Laboratorija za ispitivanje semena počela je sa radom u prvim godinama osnivanja Instituta. Ona je akreditovana 2009. godine od strane Akreditacionog Tela Srbije (ATS). Politika kvaliteta je takva da se rad laboratorije odvija u potpunosti i u skladu sa domaćim propisima kao i sa zahtevima standarda za akreditovane laboratorije, SRPC ISO/ IEC 17025 i dobrom laboratorijskom praksom. Kvalitet rada laboratorije obezbeđen je primenom strogo uspostavljenog sistema menadžmenta i timskim radom. Pod ATS akreditacijom se nalazi seme poljoprivrednog bilja (seme ratarskih i povrtarskih vrsta, seme cveća i lekovitih vrsta) kao i seme sa omotačem. Laboratorija Instituta poseduje neophodnu tehničku opremu potrebnu za uzorkovanje (uzimanje prosečnog uzorka za fizičko-hemijska, biološka i biohemijska ispitivanja). U pogledu klijavosti, energije klijanja, čistoće, prisustva drugih vrsta i korova poljoprivrednog bilja, seme mora ispunjavati uslove utvrđene odredbama Pravilnika o kvalitetu semena poljoprivrednog bilja. Kvalitet semena u pogledu zdravstvene ispravnosti (prisustvo fitopatogenih gljiva) mora ispunjavati uslove utvrđene propisima o zdravstvenom stanju useva, semena i sadnog materijala.
Ispitivanje kvaliteta semena vrši se na način i po postupku koji su utvrđeni u metodama ispitivanja semena. Klijavost se ocenjuje iz semena osnovne grupe „čisto seme“ i predstavlja broj normalnih klijanca u odnosu na ukupan broj semena stavljenog na klijanje utvrđen posle isteka vremena predviđenog za završno ocenjivanje. Čistoća semena (čisto seme, drugo seme, seme korova, inertne materije), klijavost semena (energija klijanja i čistoća), vlaga semena, masa 1000 semena, moraju biti u granicama dozvoljene tolerancije.