Proučavanje biologije i epidemiologije prouzrokovača bolesti, kao i biologije i prognoze pojave ekonomski značajnih štetočina i korova imaju za cilj iznalaženje najefikasnijih mera za njihovo suzbijanje kao i transfer znanja proizvođačima povrća u vidu preporuke za kontrolu i suzbijanje bolesti, insekata i korova. U okviru odeljenja za zaštitu povrća u Institutu istraživači se bave istraživanjem u oblasti zaštite pre svega povrtarskih, ali i ratarskih kultura, od štetočina, prouzrokovača bolesti i korova. U okviru ovog odeljenja prati se i nadgleda celokupna proizvodnja semena povrća u svim fazama u Institutu kao i u kooperaciji, i svojim preporukama obezbeđuju njenu zaštitu od patogena, korova i insekata. U tom smislu tokom proizvodne sezone vrše se i interne aprobacije kako bi se pratilo zdravstveno stanje biljaka i semena.
Takođe, pod okriljem ovog odeljenja sprovodi se dezinfekcija, dezinsekcija i deratizacija u prostorijama za čuvanje semena, kako bi se obezbedili kvalitetni uslovi. Pored istraživanja konvencionalnih metoda zaštite povrća poslednjih godina aktivno se radi na utvrđivanju mogućnosti primene bioloških mera suzbijanja patogena povrća i efikasnosti njihove primene, in vitro i in vivo. Ovo ima za cilj unapređenje povrtarske proizvodnje u Srbiji u smeru dobijanja zdravstveno bezbedne hrane kao i ekološki prihvatljive i održive proizvodnje povrtarskih kultura. Istraživači ovog odeljenja aktivno sarađuju sa kolegama iz odeljenja za genetiku i uzimaju značajno učešće u stvaranju tolerantnih i otpornih sorti i hibrida povrtarskih biljaka prema prouzrokovačima bolesti. U laboratoriji i zaštićenom prostoru predviđenom za ispitivanje patogena povrća vrši se testiranje novih linija i hibrida povrća na otpornost prema najznačajnijim patogenima povrća. Jedini siguran i ekološki prihvatljiv način kontrole biljnih patogena jeste stavaranje otpornih sorti i hibrida. U sklopu ovog odeljenja funkcioniše laboratorija za zaštitu povrća u kojoj se sprovode aktivnosti ovog odeljenja.
Delatnosti laboratorije za zaštitu povrća su proučavanje bolesti i štetočina povrća. U laboratoriji se proučavaju fitopatogene gljive, bakterije i virusi. Proučavanje efikasnosti hemijskih i bioloških tretmana za zaštitu povrća od bolesti i štetočina je jedan od glavnih zadataka odeljenja za zaštitu povrća. Upotreba bioloških tretmana ima značaj u smanjenju upotrebe pesticida, a samim tim i dobijanja zdravstveno bezbedne hrane.
Laboratorija poseduje referentnu kolekciju fitopatogenih gljiva, bakterija i virusa. Najznačajniji patogeni se čuvaju u kolekciji, umnožavaju se u laboratorijskim uslovima, a vrši se i veštačka inokulacija radi utvrđivanja stepena otpornosti novih linija i hibrida. Karakterizacija patogena i molekularna identifikacija ima veliki značaj u ispitivanju ovih bolesti povrća koje svake godine nanose velike štete povrtarskoj proizvodnji. Na osnovu testova in vitro daju se preporuke za tretmane biljaka i semena.
Pored ispitivanja efekata pesticida na suzbijanje patogena, još jedan od pravaca istraživanja u laboratoriji za zaštitu povrća, koji je od skoro zauzeo značajnije mesto u našem radu jeste pronalaženje alternativnih materija prirodnog porekla koje bi bile adekvatna zamena hemijskim preparatima koji se koriste u svrhe suzbijanja patogena povrća. Aktivno se ispituju uticaji eteričnih ulja pojedinih lekovitih i aromatičnih biljaka, inkorporacija celih biljaka i/ili njihovih ostataka u zemljištu, kao i primena bakterija antagonista u cilju suzbijanja zemljišnih patogena povrća čije suzbijanje inače zahteva jake i opasne hemijske preparate.
Deo laboratorije za kontrolu zdravstvene ispravnosti semena je akreditovan za ispitivanje zdravstvenog stanja semena kod Akreditacionog Tela Srbije. Kontrola zdravstvene ispravnosti semena povrća je značajan segment u proizvodnji semena povrća. Samo od zdravstveno ispravnog semena se mogu proizvesti zdrave biljke koje daju visok prinos i kvalitet plodova povrća. U okruženju ne postoji slična akreditovana laboratorija stoga ona ima regionalni značaj.